A ponte de Stari Most en 1930.A antiga ponte de Stari Most, reconstruída logo de danos de guerra en 2004Danos de guerra en 1992-95 nun edificio en Bulevar Hrvatskih branitelja en Mostar
Durante a guerra de Bosnia, entre 1992 e 1993, logo que Bosnia - Hercegovina declarase a súa independencia de Iugoslavia, a cidade estivo sometida a sitio durante nove meses. O 3 de abril de 1992 o Exército Popular Iugoslavo (JNA) bombardeou Mostar por primeira vez e na seguinte semana conseguiron controlar gran parte da cidade. O 8 de abril os croatas de Herzegovina fundaron o Consello de Defensa Croata (Hrvatsko Vijeće Obrane, HVO) como unha formación militar para loitar co JNA, na loita os serbios destruíron a catedral católica, o pazo do bispo (coa súa biblioteca de 50.000 volumes), un mosteiro franciscano e 14 mesquitas.
O 12 de xuño HVO xunto a milicias bosníacas conseguiron botar á JNA fóra da cidade, no sitio que seguiu os serbios bombardearon Mostar dende as montañas.
En 1993 os bosníacos e os croatas enfróntanse polo control da cidade, o 9 de maio os croatas bombardearon o barrio bosníaco, reducíndoo a ruínas. E o 9 de novembro a ponte de Stari Most do século XVI, símbolo da cidade, foi destruído por un morteiro croata. O 25 de febreiro de 1994 asinouse un cesamento do fogo, e a cidade permaneceu dividida en dúas.
